Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya memberikan beasiswa kepada mahasiswa Program Sarjana, yang kurang mampu membiayai pendidikannya atau beasiswa yang diberikan kepada mahasiswa sebagai bentuk apresiasi terhadap prestasi yang dimiliki. Mahasiswa bersangkutan dapat mengajukan beasiswa kepada Panitia Beasiswa melalui fakultas masing-masing sebelum tahun akademik (sekitar bulan Februari)  dimulai setiap tahun. Disamping beasiswa dari UAJ, terdapat beasiswa dari lembaga maupun perusahaan swasta yang disalurkan melalui UAJ dengan persyaratan yang berbeda-beda, diantaranya dari Yayasan Marga Jaya Sejahtera dari PT. Pembangunan jaya; PT. Triputra; Yayasan Kasih A&A Rahmat; Yayasan Beasiswa Djarum; dll. Setiap tahun, jumlah penerima beasiswa dari UAJ dan lembaga/perusahaan kurang lebih 3.000 mahasiswa. Terdapat setidaknya 17 macam beasiswa yang dapat diberikan oleh Unika Atma Jaya, diantaranya :

1. Jabodetabek

Beasiswa untuk mendidik kader Katolik. Siswa harus berprestasi, beragama Katolik, dari keluarga kurang mampu yang bersekolah di sekolah Katolik. Beasiswa diberikan penuh dari semester 1.

2. Karya Nyata Misi Pendidikan (KNMP)

Beasiswa yang disediakan bagi mahasiswa yang studi tertentu di Unika Atma Jaya seperti:

• FEB Ekonomi Pembangunan
• FEB Ilmu Hospitality
• FPB Ilmu Teologi
• FPB Ilmu Bimbingan Konseling
• FPB Ilmu Pendidikan Guru SD
• FT Mesin
• FT Elektro

Calon mahasiswa harus mendapatkan rekomendasi dari dekan fakultas yang bersangkutan serta lulus tes mahasiswa baru.

3. Reguler

Beasiswa yang diberikan kepada mahsiswa yang kurang mampu secara finansial dan telah kuliah di Unika Atma Jaya. Beasiswa diberikan mulai semester III

4. Keuskupan (Luar Jawa)

Beasiswa disediakan bagi mahasiswa yang berasal dari luar Jawa, calon mahasiswa harus mendapatkan rekomendasi dari Uskup, serta lulus tes masuk

5. Penghargaan akademik

10 % (Biaya Kuliah Pokok + Biaya Kuliah Semester) jika IPK 3,50 – 3,74

25 % (Biaya Kuliah Pokok + Biaya Kuliah Semester) jika IPK 3,74 – 3,89

50 % (Biaya Kuliah Pokok + Biaya Kuliah Semester) jika IPK 3,89 – 4,00

Beasiswa yang disediakan bagi mahasiswa Unika Atma Jaya yang mencapai prestasi akademik yang baik berupa potongan biaya kuliah dengan besaran tertentu. Beasiswa diberikan mulai semester II.

6. BIDIKMISI

Beasiswa yang disediakan oleh Pemerintah RI kepada mahasiswa yang beasal dari keluarga kurang mampu. Beasiswa diberikan sejak masuk kuliah sampai lulus. Mahasiswa dibebaskan dari uang kuliah dan memperoleh uang biaya hidup Rp. 3.600.000,- /smstr. Pemerintah menyediakan Rp. 2.400.000,- /smstr untuk biaya pendidikan yang diberikan kepada universitas. Kekurangan biaya pendidikan ditanggung universitas. Proses seleksi melalui tes masuk dan wawancara.

7. Alumni

Beasiswa yang diberikan oleh yayasan alumni, yaitu alumni fakultas teknik dan alumni fakultas ilmu administrasi dan ilmu komunikasi.

8. Ayo Sekolah Ayo Kuliah

Beasiswa bagi mahasiswa binaan prgram ASAK dari Paroki berupa potongan biaya 50% UPP

* Syarat dan ketentuan berlaku

Informasi lebih lanjut dapat menghubungi 021-5727615 ext. 356